Ziel der Neugestaltung war es, den Charakter des Hauses wieder sichtbar zu machen und mit den Anforderungen einer zeitgemäßen Tagungs- und Begegnungsstätte zu verbinden. Räume wurden in ihrer Nutzung und Atmosphäre neu definiert, historische Strukturen freigelegt und mit einer klaren, zeitgemäßen Innenarchitektur ergänzt.

Ein besonderer Fokus lag auf der Wiederherstellung des lange ungenutzten Hörsaaltrakts, der mit einer eigenen Eingangshalle wieder zum zentralen Ort des wissenschaftlichen Austauschs wurde. So verbindet das Harnack Haus heute historische Substanz und zeitgenössische Gestaltung und knüpft wieder an seine ursprüngliche Bedeutung als Ort des Austauschs, der Begegnung und des wissenschaftlichen Dialogs an.